Dari beberapa struktur bangunan yang telah ditemukan di Situs Batujaya, satu candi yang relatif masih utuh serta menyimpan data kepurbakalaan paling lengkap adalah Candi Blandongan. Teknologi dan arsitektural candi ini lebih rumit dibandingkan dengan yang lain, dan perbingkaiannya paling raya, yang antara lain berupa pelipit rata (patta), pelipit setengah lingkaran (kumuda), dan perbingkaian bergerigi yakni susunan dua lapis bata yang menonjol dan ujungnya dibentuk meruncing. Di keempat sisi candi terdapat pintu masuk berupa tangga dengan 8 anak tangga, dimana pintu utama terdapat di sisi barat laut.
Pemugaran di Candi Blandongan diawali pada tahun anggaran 1999/2000 hingga tahun 2010. Beberapa temuan yang ditemukan di Candi Blandongan antara lain amulet atau materai (votive tablet). Amulet (votive tablet), merupakan salah satu atribut dalam agama Buddha. Amulet ini biasanya berkaitan dengan aktivitas ziarah. Amulet adalah atribut yang selalu dibawa pada saat seseorang mengunjungi tempat-tempat suci, dan dipakai untuk pelepas nazar serta penolak bala. Hasil analisis morfologis menunjukkan bahwa amulet Candi Blandongan dapat dibedakan menjadi dua jenis, yaitu amulet yang menggambarkan 6 arca tanpa adanya tulisan di bagian bawahnya, serta amulet yang menggambarkan 6 arca dengan tulisan di bagian bawahnya. Dalam mitologi agama Budha, cerita yang tergambar dalam amulet tersebut mengisahkan tentang sravasvati, yang mengisahkan ketika Budha mendapat ilham mengenai berbagai permasalahan di dunia.
Temuan lain yang tidak kalah menarik adalah prasasti berupa lempengan logam mulia. Satu lempengan ditemukan di selasar tangga sisi tenggara dan satu lempengan ditemukan di sisi luar candi di sebelah timur laut. Kemudian juga ditemukan tiga fragmen kaki arca yang kemungkinan merupakan fragmen kaki arca Budha, yang terbuat dari bahan tembaga. Beberapa pecahan wadah dari bahan tembaga yang ditemukan di candi ini, untuk sementara diduga sebagai pedupaan.
Di sisi barat daya candi Blandongan, tepatnya di depan tangga, pada lapisan tanah di bawah dasar pondasi candi, ditemukan rangka manusia dalam posisi tegak lurus dengan bangunan candi. Di dekat temuan rangka manusia tersebut, pada lapisan tanah yang sama, ditemukan beberapa gerabah berbentuk cawan dan kendil, serta alat dari bahan besi. Temuan gerabah tersebut untuk sementara diduga sebagai benda magis yang dipergunakan untuk alat upacara dan bekal kubur. Gerabah Batujaya, khususnya yang ditemukan di Candi Blandongan, jika dilihat dari kesamaan bentuk, material, dan motif hiasnya, mirip dengan temuan gerabah di Situs Buni.
Temuan lain yang unik di Candi Blandongan adalah gerabah Arikamedu dari abad keempat. Gerabah Arikamedu berbentuk wadah yang umumnya terdapat slip merah sebagai motif hiasnya. Beberapa di antaranya ada yang mempunyai ragam hias garis-garis vertical serta lingkaran yang disusun secara teratur, seperti pola hias rolet.
Keberadaan temuan dari masa prasejarah di Candi Blandongan merupakan bukti adanya kesinambungan budaya dari masa prasejarah hingga masa pengaruh Hindu-Budha. Tentunya dengan potensi tersebut, selayaknyalah kekayaan dan keragaman tinggalan budaya di Situs Batujaya harus dilestarikan.
