Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi jamur dari batuan penutup drainase Candi Borobudur pada sisi Selatan Lantai II Bidang H, yang memiliki kemungkinan menyebabkan biodeteriorasi. Kerak pada batuan penutup drainase disampling dengan metode kerik dan swab, kemudian dilakukan isolasi mikroba hasil sampling dengan metode spread, streak, dan tabur pada medium Nutrient Agar dan Potato Dextrose Agar. Inkubasi dilakukan pada suhu 280C dengan kelembaban 80% selama 24-48 jam. Isolat yang berbeda disubkultur pada medium baru dan diinkubasi kembali selama 48-72 jam dengan suhu dan kelembaban yang sama. Setelah isolat diinkubasi, dilakukan karakterisasi morfologi makroskopis berupa bentuk dan warna koloni isolat jamur, dan mikroskopis berupa keberadaan septa pada hifa, spora, dan kantung spora dengan mikroskop. Didapatkan empat isolat jamur yaitu J1, J2, J6, dan J7. Berdasarkan morfologi makroskopis dan mikroskopis, Isolat J1, J6, dan J7 termasuk jenis, Isolat J1, J6, dan J7 termasuk jenis jamur dari Ascomycota atau Deutromycota sedangkan Isolat J2 termasuk jenis jamur dari filum Zygomycota.