Candi Borobudur disusun menggunakan batu andesit yang berbentuk persegi. Bentuk struktur seperti punden berundak yang semakin ke atas semakin mengecil dengan empat buah tangga yang terdapat di setiap sisi mata angin (timur, selatan, barat, dan utara).

Strukturnya terdiri atas 9 teras berundak yang terdiri dari 6 teras berdenah persegi dan 3 teras berdenah lingkaran. Di antara bentuk teras tersebut terdapat lantai yang disebut plateau. Candi Borobudur memiliki panjang 121,66 meter, lebar 121,38 meter, dan tinggi 35,40 meter.

Menurut filsafat agama Buddha Candi Borobudur merupakan tiruan alam semesta yang terdiri dari tiga tingkatan secara vertikal, yaitu Kamadhatu, Rupadhatu, dan Arupadhatu.

• Kamadhatu merupakan bagian bawah candi yang melambangkan alam bawah, menggambarkan perilaku manusia yang masih terikat oleh nafsu duniawi (tempat manusia biasa).
• Rupadhatu merupakan bagian tengah candi yang melambangkan alam antara, menggambarkan perilaku manusia yang sudah mulai meninggalkan keinginan duniawi, akan tetapi masih terikat oleh dunia nyata.
• Arupadhatu merupakan bagian atas candi yang melambangkan alam atas, tempat para dewa. Simbol dari unsur tak berwujud dan sebagai tanda tingkatan yang telah meninggalkan nafsu duniawi.

Batu-batu Candi Borobudur diperkirakan berasal dari sungai-sungai di sekitar Borobudur dengan volume keseluruhan sekitar 55.000 meter³ (kira-kira 2.000.000 potong batu).