Visi sebuah lembaga atau institusi adalah target yang akan dicapai oleh lembaga atau institusi tersebut. Adapun visi Museum Benteng Vredeburg adalah “Terwujudnya peran museum sebagai pelestari nilai sejarah dan kejuangan Rakyat Indonesia di Yogyakarta dalam mewujudkan NKRI”
Misi adalah rumusan-rumusan umum tentang upaya-upaya apa saja yang akan dilaksanakan untuk mewujudkan visi.
Adapun misi dari Museum Benteng Vredeburg Yogyakarta antara lain:
1. Mewujudkan peran museum sebagai pelestari benda-benda peninggalan sejarah perjuangan Bangsa Indonesia di Yogyakarta.
2. Mewujudkan peran museum sebagai sumber informasi sejarah perjuangan rakyat Indonesia di Yogyakarta.
3. Mewujudkan peran museum sebagai media pendidikan non formal bagi pengembangan ilmu pengetahuan sejarah dengan nuansa edutainment.
4. Mewujudkan museum sebagai wahana peningkatan apresiasi masyarakat terhadap nilai-nilai luhur yang terkandung dalam semangat juang rakyat Indonesia di Yogyakarta.
