Salah satu fasilitas umum yang terdapat di Museum Benteng Vredeburg Yogyakarta adalah tersedianya ruang perpustakaan. Sekitar 5000 buku terdiri dari buku sejarah, ilmu sosial, keagamaan, novel dan lainnya. Pengklasifikasian koleksi buku milik museum ini menggunakan metode Dewey Decimal Classification.
Untuk dapat meminjam koleksi buku perpustakaan, pengunjung bisa mendaftarkan menjadi keanggotaannya secara gratis dengan mengisi formulir keanggotaan dan menunjukkan kartu identitas yang berlaku. Perpustakaan buka dari pukul 08.00-16.00WIB setiap hari Senin sampai dengan Jum’at.
Ruang perpustakaan dikondisikan terang dan sejuk sehingga menciptakan suasana nyaman bagi pengunjung, juga dilengkapi beberapa unit komputer dan wifi yang bisa dimanfaatkan secara gratis. Pengunjung juga dapat mengakses katalog buku koleksi museum melalui Http://app-msi.com/libsys/museum-vredeburg2.0/opac/. Selain tersedianya ruang baca, pengunjung juga diperbolehkan meminjam buku untuk dibawa pulang dengan syarat dan ketentuan perpustakaan museum.
