Koleksi yang terdapat di museum merupakan jantung dari museum itu sendiri. Tim konservator mempunyai tanggung jawab terhadap pemeliharaan koleksi, perawatan koleksi secara rutin dilakukan untuk menjaga koleksi agar tetap sehat dan terpelihara.
Selasa, 15 Mei 2018 tim konservator melakukan kegiatan pembersihan koleksi lukisan pasca fumigasi. Kegiatan pembersihan ini dilakukan di depan storage K Museum Benteng Vredeburg Yogyakarta.
Sekitar 50 koleksi dari 150 koleksi yang difumigasi dilakukan pembersihan mekanik, meliputi penguasan lukisan dengan kuas, pembersihan dengan kapas+aquades untuk menghilangkan noda,debu yang menempel, dan sisa obat fumigasi.
Koleksi lukisan berbahan kanvas dengan goresan cat minyak sangat rentan rusak, terlebih lukisan yang dimakan usia. Perawatan koleksi di Museum Benteng Vredeburg Yogyakarta dilakukan secara optimal, tetapi karena usia dan saat diperoleh koleksi dalam kondisi sudah sakit, sehingga rentan rusak dan semakin parah kondisinya. Untuk menghindari kerusakan tersebut, tim konservator melakukan perawatan secara rutin dan dalam pengerjaannya dilakukan sesuai dengan standart operasional prosedur yang ada.
