Salah satu penyebab kerusakan pada koleksi adalah faktor elemen iklim yang disebabkan ketidakstabilan kelembaban udara dan temperature udara, kelembaban yang tinggi menyebabkan berkembangnya jamur. Faktor lain adalah cahaya, baik cahaya alam maupun cahaya buatan. Tak hanya pengaturan kelembaban dan pencahayaan yang diperhatikan, tetapi perawatan secara rutin dan penanganan koleksi yang baik akan mempengaruhi terpeliharanya koleksi.
Terlebih untuk koleksi Museum Benteng Vredeburg Yogyakarta, penyimpanan koleksi sebagian berada di ruang storage, dipamerkan dalam diorama, juga ada yang dipamerkan di ruang terbuka museum. Dengan penyimpanan tersebut yang beragam, menjadi kompleks pula perawatannya antara satu koleksi dengan koleksi yang lain. Terlebih untuk koleksi yang berada di luar/tempat terbuka, paparan debu menjadi faktor penambah penyebab tidak sehatnya koleksi.
Pada awal bulan Desember 2020, tim konservator dan tim kebersihan Museum Benteng Vredeburg Yogyakarta bersama-sama membersihkan koleksi maket yang berada di teras Diorama III atau di Gedung E lantai I. Pemeliharaan meliputi pembersihan debu dan pencegahan tumbuhnya jamur pada maket. Meski terlihat sederhana, tetapi harus dilakukan secara hati-hati untuk mengurangi kecelakaan koleksi pada saat dilakukan perawatan.
