Dalam rangka mewujudkan pemerintahan Indonesia yang bersih melalui upaya Pembangunan Wilayah Bebas dari Korupsi (WBK) dan Wilayah Birokrasi Bersih dan Melayani (WBBM), kembali tahun 2018 Museum Benteng Vredeburg Yogyakarta dikandidatkan sebagai institusi pemerintah mewakili Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan sebagai percontohan Pencanangan Pembangunan Zona Integritas.
Usulan pencanangan kali kedua setelah tahun 2017 lalu, Rabu 12 September 2018 di ruang audiovisual Museum Benteng Vredeburg Yogyakarta dipimpin oleh kepala museum Dra. Christriati Ariani, M.Hum menggelar Deklarasi Pencanangan Pembangunan Zona Integritas. Acara yang bertema “Deklarasi Pencanangan Pembangunan Zona Integritas menuju wilayah bebas korupsi dan wilayah birokrasi bersih dan melayani“ tersebut dihadiri oleh seluruh karyawan dan karyawati Museum Benteng Vredeburg Yogyakarta.
Dalam acara ini dibacakan ikrar oleh Kepala Museum Benteng Vredeburg Yogyakarta dan diikuti oleh segenap karyawan museum dan dilanjutkan penandatanganan Komitmen Bersama menjadi Wilayah Bebas dari Korupsi (WBK) dan Wilayah Birokrasi Bersih dan Melayani (WBBM) serta menjadi institusi pemerintah yang berintegeritas, kredibel, dan bermartabat.