Museum Benteng Vredeburg Yogyakarta memiliki banyak koleksi benda-benda bernilai sejarah. Di antaranya termasuk koleksi berupa koleksi bangunan, alat rumah tangga, numismatik dan beberapa jenis koleksi yang lain.
Hingga saat ini koleksi yang dikelola Museum Benteng Vredeburg Yogyakarta berjumlah 6.995 buah koleksi. Benda-benda, dibagi dalam empat belas sub jenis koleksi yaitu koleksi bangunan, alat rumahtangga, alat perkantoran, pakaian dan perlengkapan, peralatan kesehatan, perlengkapan religi, peralatan perang, alat perhubungan, dokumen, peralat upacara, visualisasi, numismatik, heraldik dan perlengkapan seni.
Koleksi tersebut tidak semua dipamerkan, tetapi ada beberapi koleksi yang disimpan di storage karena keterbatasan ruang tata pameran. Koleksi perlu di kelola agar kedepannya dapat menjadi benda yang miliki manfaat bagi masyarakat. Oleh karena itu koleksi museum perlu dikelola secara tertib secara administrasi sehingga memudahkan dalam pengeloalannya untuk menunjang pelayanan publik.
Tahap awal dari penanganan koleksi secara administrasi adalah registrasi koleksi atau pencatatan koleksi. Semua benda yang telah menjadi koleksi museum akan dicatat kedalam buku registrasi, diberi label serta kartu sebagai penetapan secara resmi menjadi koleksi museum.
Tidak hanya benda koleksi, pencatatan dilakukan pada dokumen-dokumen yang terkait dengan koleksi tersebut. Dengan dicatatnya semua data yang terkait dengan koleksi maka koleksi tersebut memiliki identitas dan sumber informasi bagi pihak yang ingin memperoleh data dari koleksi tersebut.
Setelah tahap registrasi selesai, selanjutnya adalah menginventarisasi koleksi. Maksud dari menginventarisasi koleksi adalah memindahkan data dari buku registrasi kedalam buku inventaris koleksi. Inventarisasi koleksi dilakukan dengan cara penomoran, klasifikasi dan katalogisasi.
Koleksi museum merupakan bagian penting di museum sehingga perlu didata dan diadministrasi. Untuk kepentingan tersebut Museum Benteng Vredeburg Yogyakarta melaksanakan kegiatan Inventarisasi Koleksi Museum (pendataan Koleksi).
Pendataan koleksi bertujuan untuk memberikan identitas awal pada setiap koleksi museum, dan untuk memudahkan pengelolaan koleksi museum yang berkaitan dengan pelayanan publik. Pendataan koleksi ini merupakan kegiatan rutin tahunan yang dilakukan pengampu jabatan administrasi koleksi.
