Sebagai akses masuk utama kedalam benteng pertahanan, gerbang juga merupakan salah satu sistem keamanan setelah parit/jagang. Pada Benteng Vredeburg, terdapat dua gerbang sebagai akses masuk utama di sebelah barat dan gerbang belakang disebelah timur. Pintu gerbang menjadi sumbu as pada penentu ruang pada komplek bangunan.
Gerbang bagian barat merupakan akses utama menuju kedalam kompleks bangunan benteng, pun sebagai sistem keamanan bangunan. Bangunan bertingkat dua ini pada periode 1765 – 1830, lantai atas digunakan sebagai kantor komando. Lantai bawah di sisi kanan maupun kiri jalan masuk merupakan ruang jaga. Dalam perkembangannya saat ini, fungsi pintu gerbang barat digunakan sebagai pintu utama museum, sedangkan ruang bawah sisi utara dimanfaatkan sebagai ruang penjualan tiket masuk museum dan sisi sebelah selatan digunakan sebagai ruang jaga satpam. Ruang lantai atas dimanfaatkan sebagai ruang rapat.
Memiliki ciri khas gaya arsitektur klasik Eropa (Yunani-Romawi) melalui bagian tympanium yang disangga empat pilar yang bergaya ionic, gerbang benteng juga memadukan unsur arsitektur tradisional pada bagian atap lantai dua. Menggunakan atap berbentuk limasan dengan menggunakan hiasan atap pada bagian puncak atap seperti terlihat pada gambar benteng pada tahun 1864. Sedangkan pada gambar tahun 1926 pasca gempa bumi di Yogyakarta, hiasan kemuncak hilang sampai saat ini.
Pada bangunan gerbang timur, gerbang memiliki fungsi yang relatif sama pada gerbang sisi barat hanya bentukan fisik dibagian atas tidak terdapat ruang seperti pada bangunan benteng bagian barat. Pada periode 1765-1830 lantai bawah merupakan ruang jaga. Sedangkan lantai atas semula dipergunakan sebagai pos pengawasan daerah di sekitar benteng baik ke dalam maupun ke luar. Saat ini pintu gerbang dipergunakan sebagai pintu masuk dari arah timur (Taman Budaya Yogyakarta maupun Taman Pintar Yogyakarta). Dua ruang di sisi utara sekarang dimanfaatkkan sebagai tempat penjualan tiket dari sisi timur dan ruang sisi selatan dimanfaatkan sebagai gudang. Sedangkan pos penjagaan di sisi timur memanfaatkan bangunan kecil yang berada di sebelah timur pintu gerbang.
