Diorama II Menampilkan adegan peristiwa sejarah sejak Proklamasi Kemerdekaan RI tahun 1945 sampai dengan meletusnya Agresi Militer Belanda I tahun 1947. Salah satu adegan dome kelima pada Diorama II adalah Diorama adegan Rakyat yang sebagian besar pemuda pelajar dan BKR mengadakan kontak senjata dengan tentara Jepang di Kotabaru (markas Batalyon Kido, atau Kido Butai) Berlangsung di Kotabaru, Yogyakarta dan sekitarnya pada tanggal 7 Oktober 1945.
Pada masa awal kemerdekaan Indonesia, Pemerintah Daerah Istimewa Yogyakarta di bawah pimpinan Sri Sultan Hamengku Buwono IX, Sri Paku Alam VIII, BPU (Barisan Penjagaan Umum), KNID (Komite Nasional Indonesia Daerah), Polisi, BKR (Badan Keamanan Rakyat) dan rakyat berhasil menjalin kerjasama yang harmonis dengan para pemuda untuk melakukan gerakan perebutan kekuasaan dan perebutan senjata Jepang. Organisasi-organisasi tersebut memegang peranan yang sangat penting dalam pengoperan kantor-kantor sipil, gedung-gedung resmi, perusahaan-perusahaan, pabrik-pabrik dan gerakan pelucutan senjata baik dengan kekerasan maupun dengan cara damai.
Pada tanggal 6 Oktober 1945 usaha pelucutan senjata Jepang di Kotabaru secara damai sudah dilakukan. Perundingan di Kotabaru yang merupakan gudang senjata dan markas tentara Jepang dimulai antara R. Mohammad Saleh (Ketua KNID), RP. Sudarsono, Sunjoto, Bardosono (dari BKR) dengan Mayor Otzuka, Kenpeitai Cho Sasaki, Kapten Ito dan Kiabuco dari pihak Jepang. Perundingan dilaksanakan di rumah Butaico Kotabaru (sebelah barat SMU 3 Yogyakarta, sekarang) mulai pukul 19.00 WIB sampai dengan pukul 03.00 WIB. Dalam perundingan itu RP. Sudarsono meminta agar Butaico Mayor Otzuka menyerahkan senjata kepada pihak Indonesia. Sementara perundingan sedang berlangsung, ribuan rakyat dan pemuda yang digerakkan oleh KNID (Komite Nasional Indonesia Daerah), BPU (Barisan Penjagaan Umum), BKR (Badan Keamanan Rakyat), dan PI (Polisi Istimewa) bergerak menuju Kotabaru. Mereka menggunakan senjata apa adanya. Seperti golok, bambu runcing, tombak, keris, pentung dan sejenisnya.
Setelah kurang lebih kurang 8 jam berlangsung, akhirnya perundingan menemui jalan buntu. Mayor Otzuka mencoba mengulur waktu dengan menyatakan bahwa mau menyerahkan senjata Jepang pada jam 10.00 WIB setelah mendapat ijin dari Jenderal Nakamura yang berkedudukan di Magelang. Namun hal itu tidak dihiraukan oleh wakil Indonesia. Setelah perundingan gagal maka Moh. Saleh (Ketua KNID), RP. Sudarsono, Bardosono, dan Sunjoto (BKR) segera meninggalkan tempat perundingan dengan diantar oleh pembesar-pembesar Jepang.
Rakyat dan pemuda didukung oleh BKR dan PI yang telah berkumpul di sekitar Kotabaru sejak pukul 23.00 WIB tidak sabar lagi untuk mengadakan penyerbuan ke markas Jepang di Kotabaru. Setelah perundingan dianggap gagal maka tepat pukul 04.00 WIB penyerangan dimulai dengan tanda letusan granat tangan. Senjata mitraliur Jepang mulai beraksi menyerbu para pemuda dan pejuang. Ketika pertempuran terjadi, Butaico yang bermarkas di Pingit datang ke Kotabaru. Butaico di Pingit mau menyerahkan senjatanya kepada TKR asalkan anak buahnya tidak diganggu. Kemudian pimpinan TKR meminta kepada Butaico di Pingit agar mau menasehati Bataico Kotabaru Mayor Otzuka supaya bersedia menyerahkan senjatanya kepada TKR. Tetapi Mayor Otzuka tetap pada pendiriannya sehingga pertempuran terus berjalan.
Ketika pertempuran makin gencar terjadi, Moh. Saleh dan RP. Sudarsono berhasil masuk dalam tangsi Jepang dan menemui Mayor Otzuka. Kedua pimpinan itu menanyakan apakah Mayor Otzuka mau menyerah atau tidak. Dan kemudian dijawab bahwa Mayor Otzuka mau menyerahkan senjata Jepang hanya kepada Kepala Daerah Istimewa Yogyakarta yaitu Sri Sultan Hamengku Buwono IX. Pukul 10.30 tanggal 7 Oktober 1945 pertempuran berhenti. Pasukan Jepang mengibarkan bendera putih tanda menyerah. Sekitar 360 orang serdadu Jepang di Kido Butai Kotabaru berhasil ditawan. Polisi Istimewa kemudian membawanya ke penjara Wirogunan dengan berjalan kaki melalui jalan Jenderal Sudirman, Tugu, Jalan Mangkubumi, Jalan Malioboro dan berhenti sebentar di depan Benteng Vredeburg, kemudian melalui Jalan P. Senapati menuju rumah Penjara Wirogunan.
Sore harinya, Komandan Garnizun Jepang diterima oleh GBPH (Gusti Bendara Pangeran Harya) Prabuningrat di pintu gerbang Keben untuk diantarkan menghadap Sri Sultan Hamengku Buwono IX. Para perwira Jepang itu diterima Sultan di kantor beliau di Emper (serambi) Purworetno guna menyatakan penyerahan pasukan dan senjatanya. Senjata Jepang kemudian disimpan di Bangsal Pracimosono dan selanjutnya diserahkan kepada TKR.
Dalam pertempuran yang berlangsung di Kotabaru Yogyakarta tanggal 7 Oktober 1945 tersebut gugur sebanyak 21 orang pemuda pejuang yang kemudian nama-nama mereka diabadikan sebagai nama-nama jalan di Kotabaru dan sekitarnya antara lain :
- I Dewa Nyoman Oka
- Amat Djazuli
- Faridan M. Noto
- Bagong Ngadikan
- Suroto
- Syuhada
- Sudjijono
- Sunaryo
- Supadi
- Djuwadi
- Hadidarsono
- Sukartono
- A. Djohar Nurhadi
- Sabirin
- Mohammad Sareh
- Mohammad Wardani
- Trimo
- Ahmad Zakir
- Umar Kalipan
- Abu Bakar Ali
- Atmo Sukarto
Guna memberi penghormatan kepada para pahlawan dan syuhada di seluruh Yogyakarta dikibarkan bendera setengah tiang. Kemudian jenazah para pahlawan tersebut pada sore harinya sekitar pukul 16.00 diberangkatkan dari Gedung Agung menuju Taman Bahagia (Taman Makam Pahlawan Kusuma Negara, sekarang) di Semaki. Kurang lebih 17 jenazah dimakamkan di Taman Makam Pahlawan Kusumanegara Semaki Yogyakarta. Sedangkan 3 jenazah lainnya dimakamkan di Pemakaman sebelah barat Masjid Agung Yogyakarta. Jenazah Faridan M. Noto dimakamkan di Makam keluarga Glagah, Kulon Progo, Yogyakarta.
Sumber : Buku Panduan Museum Benteng Vredeburg Yogyakarta