Bangunan yang terkoneksi dngan gedung M4 dan berada di sisi selatan gedung M3 ini menjadi gedung paling selatan dan tidak terlihat ketika pengunjung memasuki kompleks Museum Benteng Vredeburg Yogyakarta. Gedung F menjadi pusat kegiatan kelompok kerja bagian teknis: kurator, konservator, preparator, dokumentasi, dan publikasi, serta terdapat storage koleksi. Di lantai II gedung ini terdapat ruang audio visual tempat pemutaran film.
Gedung F merupakan bangunan berlantai 2 dengan fungsi utama sebagai kantor kelompok kerja teknis, sedangkan pada lantai atas dimanfaatkan sebagai ruang audio visual. Fungsi bangunan pada awalnya adalah sebagai bangunan fasilitas umum dilihat dari bentuk fisik bangunan yang menunjukkan bahwa ruang-ruang dalam bangunan ini bersifat terbuka dan diperkirakan berfungsi sebagai bangunan fasilitas umum sesuai dengan bentuk-bentuk pada ruangnya. Berdasarkan data yang pernah diperoleh, dalam benteng terdapat bangunan yang berfungsi sebagai rumah sakit, sehingga dapat dikaitkan antara bangunan yang diperkirakan sebagai fasilitas umum dengan rumah sakit ada kemungkinan bangunan ini berfungsi sebagai rumah sakit pada awalnya. Selanjutnya pada masa dipergunakan oleh instansi militer, bangunan ini tidak dipergunakan sebagai tempat tinggal bagi para prajurit, melainkan sebagai mushola.
Memiliki luas bangunan 327.7 m² dengan bentuk denah persegi panjang dan bertingkat 2, bangunan ini memberi kesan mengarah memanjang dengan proporsi antara atap dengan dinding yang seimbang. Pada perlubangan bangunan, bentukan jendela dan pintu masih terdapat ciri khas belanda dengan dimensi pintu dan jendela yang cukup besar pada bagian selatan.
Penggabungan nilai-nilai arsitektur Eropa (dalam hal ini Belanda) dengan nilai-nilai arsitektur tradisional terlihat pada struktur atap dimana terdapat sistem yang digunakan yaitu sistem tumpang. Ornamentasi pada bangunan ini juga terlihat lebih kaya daripada bangunan yang lain. Pilar-pilar pada muka sisi selatan dan pilaster-pilaster pada ujungnya terdapat hiasan. Sedangkan pada dinding bawah jendela terdapat hiasan berupa garis-garis yang dikerjakan dengan rapi. Secara keseluruhan, detail ornamentasi pada bangunan ini sederhana namun di lakukan dengan rapi.
