Koleksi sebuah museum memiliki fungsi sebagai benang merah penghubung masa lalu, maka kini, dan masa yang akan datang. Koleksi menjadi bukti otentik jejak-jejak sejarah dan peradaban yang pernah terjadi dan berkembang di masanya. Agar tetap lestari koleksi yang menjadi sumber ilmu pangetahuan oleh generasi dimasa sesudahnya, museum melakukan pengelolaan museum mencakup pengelolaan koleksi (pengadaan, pencatatan, penataan koleksi, dan pemberian informasi tentang koleksi terhadap pengunjung).
Dari 7517 koleksi Museum Benteng Vredeburg Yogyakarta dikelompokkan dalam 14 klasifikasi dan 3 pengelompokan berdasar bahan pembentuk koleksi yaitu organik, anorganik, dan gabungan dari keduanya. Pengelompokan bahan dasar koleksi tersebut membantu memudahkan pengelola museum (konservator) dalam melakukan pemeliharaan koleksi.
Untuk menjaga kondisi koleksi agar selalu dalam keadaan baik, tim konservator melakukan perawatan koleksi berupa konservasi preventif dan konservasi kuratif disesuaikan dengan kondisi koleksi. Untuk konservasi kuratif dengan sebelumnya dilakukan observasi koleksi terlebih dahulu sebelum menentukan tindakan yang harus dilakukan.
Pemilihan metode konservasi yang tepat, efektif, efisien, serta aman bagi koleksi, manusia, dan lingkungan menjadi dasar dan pertimbangan penting pengelola museum dalam melaksanakan tugasnya. Di tahun 2020 Museum Benteng Vredeburg Yogyakarta dalam hal ini tim konservator telah melaksanakan upaya pemeliharaan tersebut baik preventif maupun kuratif.
Pandemi Covid-19 tidaklah menjadi penghalang bagi pengelola museum untuk tetap melakukan pemeliharaan. Selain itu upaya mengurangi resiko terjadinya penurunan koleksi terus dilakukan, diantaranya dengan menjaga tingkat kelembaban udara dan suhu sekitar koleksi.
