Benteng Vredeburg dibangun sebagai pusat pemerintahan dan pertahanan residen pada jaman Belanda. Benteng berdenah persegi dan mempunyai menara pantau (bastion) di ke-empat sudutnya seperti benteng masa itu pada umumnya. Melalui Surat Keputusan Mendikbud RI Prof. Dr. Fuad Hasan nomor 75/0/1992 tanggal 23 November 1992 secara resmi Benteng Vredeburg rnenjadi Museum Khusus Perjuangan Nasional dengan nama Museum Benteng Yogyakarta. Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Kebudayaan dan Pariwisata Nomor KM 48/0T.001/MKP/2003 tanggal 5 Desember 2003 Museum Benteng Vredeburg Yogyakarta menjadi Unit Pelaksana Teknis (UPT) yang berkedudukan dilingkungan Kementerian dan Kebudayaan Deputi Bidang Sejarah dan Purbakala yang bertugas melaksanakan pengumpulan, perawatan, pengawetan, penelitian, penyajian, penerbitan hasil penelitian dan memberikan bimbingan edukatif kultural mengenai benda dan sejarah perjuangan bangsa Indonesia di wilayah Yogyakarta. Berbagai gedung yang ada didalam komplek benteng difungsikan sebagai museum yang antara lain sebagai diorama, tempat penyimpanan (storage), perkantoran, audio visual, ruang preservasi dan lain-lain. Gedung-gedung yang ada di Benteng Vredeburg diberi nama dengan sistem abjad A-S.
Salah satu bagian bangunan yang rentan terhadap kerusakan adalah bangunan atap (rangka atap). Rangka atap di kompleks Benteng Vredeburg pernah dipugar pada tahun 1980an, namun komponen kayu yang merupakan material utama rangka atap bangunan tersebut sangat rentan terserang serangga dan terjadi kerusakan. Hal tersebut dikarenakan keberadaan rayap yang sudah menjangkau komponen utama rangka atap hingga ada bagian nok yang jatuh dan habis terserang rayap sehingga jatuh pada plafon. Oleh karena itu dilakukan tindakan observasi sesegera mungkin untuk mengetahui kerusakan rangka atap kayu.
Kegiatan observasi tersebut dimaksudkan untuk mengetahui sejauh mana kerusakan yang terjadi pada rangka atap Benteng Vredeburg. Sedangkan tujuannya adalah untuk melestarikan benteng Vredeburg sebagai Cagar Budaya dengan membuat analisa kerusakan baik secara kuantitas ataupun kualitasnya.
Hasil pengamatan arkeologis, Pada tahun 1992 Benteng Vredeburg dibuka secara resmi sebagai Museum Khusus Perjuangan Nasional dengan nama “Museum Benteng Yogyakarta”. Dengan digunakannya Benteng Vredeburg sebagai museum, maka perubahan dan penambahan bangunan terjadi sesuai kebutuhan. Meskipun demikian penambahan bangunan masih selaras dengan bangunan lama dan tidak merusak bangunan aslinya. Sebagai bangunan yang sudah sangat lama maka Benteng Vredeburg telah berkali-kali diperbaiki karena terjadi kerusakan disana-sini. Perbaikan (Rehabilitasi) yang pernah dilakukan tidak semua berhasil dengan baik. Perbaikan di gedung M3 dan gedung M4 belum berhasil dengan baik.
Di gedung M3 dan M4 penggantian ataupun pemugaran dilakukan pada tahun 1981. Pemugaran ini mengakibatkan perubahan cukup besar selain mengganti material asli juga karena pemasangan dome untuk minirama terutama pada gedung M3. Jadi penggantian kerangka atap pada gedung M3 dan gedung M4 terjadi pada tahun 1981 dan belum pernah dipugar sampai sekarang.
Pada tahun 2010 pernah dilakukan konservasi pada bangunan M3 dan M4 meliputi penggantian, penambalan, pengisian terhadap kusen pintu dan jendela serta tiang dan pengecatan, coating terhadap kerpus. Selain itu pada gedung M4 juga dilakukan penggantian 2 (dua) gelagar atau balok plafon. Gelagar tidak dapat dibongkar karena berfungsi sebagai kuda-kuda atap. Pembongkaran hanya bisa dilakukan dengan membongkar seluruh atap dan saat itu pembongkaran tidak mungkin dilakukan sehingga konservasi hanya bisa dilakukan secara parsial terhadap gelagar tersebut.
Dari hasil observasi yang telah dilakukan pada atap semua gedung di Museum Benteng Vredeburg Yogyakarta. Dari keseluruhan kondisi atap gedung M adalah yang paling parah kondisinya. Oleh karena itu selama 120 hari kalender dimulai 12 mei 2017 dilakukan konservasi rangka atap gedung dari Diorama I. Sampai dengan Awal September 2017 Diorama I tidak bisa diakses pengunjung. Koleksi yang berada di tata pameran tetap Diorama I telah diamankan oleh tim pengelola Museum Benteng Vredeburg sebelum konservasi rangka atap dilakukan.
Selama pengerjaan yang dilakukan oleh pihak ketiga ini, tim konservator juga mengambil sampel penyebab kerusakan diantaranya rumah dan jenis rayap yang nantinya akan dipake sebagai sampel uji penelitian. Dimaksudkan penelitian tersebut untuk mengetahui jenis penyakit dan bagaimana cara penanganan serta cara pencegahannya.
Mengingat pentingnya fungsi bangunan Benteng Vredeburg bagi misi kebudayaan dan pariwisata, maka pelestarian bangunan baik fisik maupun nilainya sangat penting dilakukan. Salah satu usaha pelestarian bangunan secara fisik adalah dengan melakukan kegiatan-kegiatan yang berkaitan dengan pemeliharaan bangunan baik dengan cara preventif ataupun kuratif. Upaya preventif lebih baik dilakukan untuk menghambat dan menanggulangi kerusakan bangunan lebih dini, salah satunya yaitu dengan melakukan observasi kerusakan dan keterawatan bangunan.
