Benteng yang dibangun di kawasan Cilacap pada awalnya dibuat untuk menahan serangan dari luar. Bangunan Benteng pendem sebelum didirikan telah dibangun dahulu benteng-benteng lain di Nusakambangan. Tujuan didirikannya Benteng Pendem adalah sebagai alternatif terakhir jika semua benteng dapat dikalahkan dan ingin menguasai Cilacap, yang terletak di muara sungai Donan. Diantara semua Benteng yang ada, Benteng Pendem adalah benteng yang lebih luas dan sangat kuat.
Secara administratif Benteng Pendem terletak di kelurahan Cilacap, kecamatan Cilacap Selatan. Ditinjau dari aspek geografisnya benteng ini berada di daerah pantai, yaitu sekitar 300 m di sebelah barat pantai Teluk Penyu. Secara keseluruhan areal benteng ini semula seluas 10 ha, sekarang tinggal 9,5 ha. Selisih luas tersebut sekarang dipergunakan oleh pertamina untuk membangun tangki minyak dahulu merupakan areal situs yang semula berdiri bangunan benteng.
Nama Benteng Pendem digunakan untuk menyebut bangunan benteng yang di beberapa bagian sengaja dibuat terpendam di dalam tanah agar tidak terlihat dari udara. Menurut foto denah Benteng Pendem yang berasal dari Belanda bahwa nama Benteng adalah Benteng Meriam Pantai di semenanjung Cilacap Kompleks benteng ini dikelilingi parit selebar 12 m yang sebagian masih dapat terlihat sampai sekarang. Selain parit, juga terdapat tembok keliling yang dilengkapi dengan lubang-lubang untuk tempat menembak. Di luar parit yang mengelilingi kompleks ini terdapat dua bangunan tempat meriam yang berasal dari zaman Jepang. Sementara itu di bagian dalam benteng terdapat sejumlah bangunan, baik yang didirikan di bawah tanah maupun yang tampak di permukaan tanah. Bangunan-bangunan tersebut adalah barak-barak prajurit, penjara, rumah sakit, gudang amunisi, dan gudang logistik. Pada beberapa bangunan di kompleks benteng ini di jumpai angka tahun, yaitu berkisar anatara tahun 1861-1879. Seluruh kompleks dibuat dari bata berukuran berkisar antara panjang 25 cm, lebar 15 cm dan tebal 7 cm.
(Renardi Pamikat dari laporan studi kelayakan Benteng Pendem Cilacap)
